У терминала есть предел индикаторов. Возможно он у Вас переполнен уже... Помогает удалить некоторое кол-во. Тогда будут отображаться все.
в метатрейдере 4 размер mqlcache.dat не может быть больше 1 093 936.
уверен, что разработчики это ограничение не исправляют специально.
после превышения новые индикаторы (последние по алфавиту) не видны в навигаторе. новые ex4 тоже в навигаторе увидеть нельзя.
тем не менее можно обойти это и увидеть новый ex4 индикатор - скопируйте любой mq4 с именем нужного ex4 и откомпилируйте.
если имя ex4 в конце алфавита - возможно придется в начале имени mq4 поставить # и ex4 также переименовать, поставив # в начале имени.
обновите список индикаторов в навигаторе. новый индикатор появится. теперь удалите этот mq4 файл, а ex4 скопируйте в Indicators.
теперь можно перенести индикатор на график. сохраните как шаблон, потому что при следующем запуске
индикатор опять пропадет из навигатора.